La fin de la rencontre, puis la prolongation, maillot lens ne parviennent pas à départager les deux équipes. Les « Rouge et Noir » pourront s’enorgueillir d’avoir poussé les Olympiens à la prolongation, mais un but de Joseph Yegba Maya les élimina de la compétition. Les « Rouge et Noir » éliminent en deux manches le Stade lavallois (D2), puis retrouvent face à eux le FC Nantes en seizièmes de finale. Bardet et Porte sont eux repris par Nairo Quintana, Guillaume Martin, Bauke Mollema et Rigoberto Urán. Conséquence de la victoire en Coupe de France, le Stade rennais s’ouvre la porte de compétitions auxquelles il n’avait encore jamais goûté auparavant. Le troisième match oppose les deux formations à Bordeaux et Reims élimine le Stade rennais (2 – 3), qui sort de la compétition par la petite porte. La saison 1965-1966 du Stade rennais Université Club débute le 17 août 1965 par un match l’opposant au FC Nantes, champion de France en titre, dans le cadre du Challenge des champions. Toutes compétitions confondues, elle est restée invaincue en matchs officiels dans le temps réglementaire entre le 17 mars 2010 et le 23 mai 2013, soit 122 matchs. Valentina Calleja (PPCyL) est remplacée en mars 1999 par Petra García García.
Il ne sera guère inquiété par la perspective de la relégation cette saison, d’autant que seul le 18e et dernier descendra directement, quand le 17e disputera un barrage. À la fin de saison, une révolution se prépare en coulisse. Malgré l’émergence de quelques joueurs dont l’ailier Hervé Guermeur en fin de saison, maillot real madrid une impression de gâchis se dégage de l’ensemble. Plus tard, fin septembre, le Stade rennais UC dispute le premier tour de la Coupe d’Europe des vainqueurs de coupe face aux Tchécoslovaques du Dukla Prague. Il dispute son premier match avec Bruges lors de la réception du KV Courtrai le 14 août (4e journée, victoire 2-1), remplaçant Hans Vanaken à la 85e minute. Sa victoire de la saison précédente lui donne le droit de disputer le Challenge des champions face à l’Olympique de Marseille, et la Coupe d’Europe des vainqueurs de coupe. La fin de saison est, elle, cauchemardesque, avec onze matchs sans victoire pour terminer l’exercice, dont sept matchs consécutifs sans but marqué. À l’automne, des résultats plus contrastés viendront définitivement limiter les ambitions rennaises, et le club se calera dans le ventre mou du classement jusqu’en fin de saison. En 2010-2011, à l’occasion du 40e anniversaire du club, deux cercles dorés (un épais et un plus fin), avec inscrits « 40 ans » sur la partie haute et « 2010 » sur la partie basse, sont ajoutés pour célébrer cet événement.
Malgré cet effort de recrutement, les résultats rennais vont peu à peu devenir décevants, peut-être comme conséquence de l’excellent parcours en Coupe de France réalisé lors de la deuxième partie de saison. Vainqueur de Sedan par 3 buts à 1 lors de cette deuxième finale, le Stade rennais remporte la première coupe de France de son histoire, son premier titre majeur sur la scène nationale. Les Soviétiques égalisent en début de deuxième période, contre le cours du jeu : un tir lointain de Bouboukine est relâché par Vidinić sur Metreveli, buteur de près. Le début de saison rennais est bon, et le club s’installe dans la première moitié du classement. Il est cependant beaucoup plus mobile que Pirlo sur le terrain, prend énormément de risques dans certaines de ses prises de balles, et se montre très agressif dans ses interventions. Le vendredi est l’occasion d’un déplacement à Nîmes, dix-neuvième du classement, mais qui a remporté ses trois matchs en 2016, notamment face à Clermont, troisième, et à Nancy, premier. Les Lyonnaises se présentent diminuées face aux Parisiennes, avec notamment de nombreuses absences au milieu de terrain (Henry, van de Donk, Egurrola, Gunnarsdóttir, Majri). Il faudra un Stade rennais UC impérial sur son terrain pour le voir s’extirper du milieu du classement.
Malgré ce recrutement limité, le Stade rennais UC commence sa saison en fanfare, et reste invaincu jusqu’à octobre. Après avoir tranquillement et logiquement disposé des amateurs de Calais et Niort, Jean Prouff et ses hommes tombent en huitième de finale sur le Stade de Reims, tombé en D2 une saison auparavant. Auparavant, Jean Prouff et ses hommes avaient une nouvelle fois échoué au premier tour de la Coupe d’Europe des vainqueurs de coupe, chutant de façon honorable (1 – 1 à domicile à l’aller, 0 – 1 au retour à Ibrox Park) face aux Glasgow Rangers, futurs vainqueurs de l’épreuve. Mercredi 30 septembre 1958 1/16e de finale – retour Dom. Une nouvelle fois, le Stade rennais UC s’incline (0 – 2), et ne parviendra pas à corriger le tir au match retour en Bretagne (0 – 0), ce qui l’élimine dès son entrée dans la compétition. André Guy, qui n’est pas retenu après sa pige de six mois malgré son rôle décisif dans le parcours victorieux ; et Velimir Naumović, qui repart en Belgique deux ans après l’avoir quitté. La délivrance vient peu après l’heure de jeu : sur une perte de balle lyonnaise, Naumović transmet rapidement à Guy, qui contrôle et frappe du droit.